Родился 23 ноября 1962 года в селе Мугурух Чародинского района Дагестанской АССР.

В 1980 году окончил среднюю школу № 38 в городе Махачкале.

С 1987 года принят на службу в органы внутренних дел. В 1997 году заочно окончил Ростовскую высшую школу МВД РФ.

В 2005 году назначен командиром ОМСН (СОБР) МВД по Республике Дагестан.

16 февраля 2006 года сотрудники МВД Республики Дагестан приступили к проведению спецоперации по задержанию вооруженных преступников в населенном пункте Червленные Буруны. Террористы укрывшись в заброшенной сельской школе,  оказывали вооруженное сопротивление сотрудникам милиции.

Прибыв на место боестолкновения, спецназовцы под командованием Магомеда Баачилова встретили сильное огневое сопротивление со стороны бандитов. Мгновенно сориентировавшись, Баачилов организовал блокирование здания. Профессионально и грамотно расположил спецназовцев по огневым позициям, перекрывая возможные пути отхода преступников.

Террористы заняли выгодную позицию и контролировали каждый шаг милиционеров, оказавшихся на открытой местности.

Магомед Баачилов принял решение отвлечь огонь преступников на себя и вывести из-под обстрела сотрудников Ногайского РОВД. Это ему удалось. Бой продолжался. Под обстрелом оставался раненый милиционер, эвакуация которого из-за большой плотности огня была невозможна. Баачилов сумел пробраться к раненому и, прикрывая его своим телом, вынес из зоны обстрела.

Понимая, что создалась реальная угроза жизни мирных жителей и сотрудников милиции, Магомед Баачилов принял решение вступить в переговоры с террористами. В течение 20 минут, рискуя жизнью, он вел переговоры. Эта пауза дала возможность его подчиненным перегруппироваться и проникнуть в здание.

Штурмовые группы с боем продвигались по помещениям, впереди шел сам Баачилов. В одном из школьных классов он столкнулся с бандитом, который в руке сжимал гранату, а на его теле был закреплен «пояс шахида». Не теряя ни секунды, Баачилов бросился на террориста, приемом заломил ему руку и, вырвав гранату из руки, кинул ее вглубь помещения. Раздался мощный взрыв, офицера ранило осколками и осыпало осколками кирпича, пыль забила легкие и не давала дышать. Упавший и оглушенный взрывом террорист попытался встать, но истекающий кровью Магомед Баачилов точным выстрелом смог ликвидировать бандита.

В ходе боестолкновения были уничтожены активные члены так называемого «шелковского джамаата», участвовавшие в ряде террористических актов в отношении сотрудников милиции и мирных жителей на территории Республики Дагестан и Чеченской Республики.

Указом Президента Российской Федерации от 14 мая 2007 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении служебного долга, полковнику милиции Баачилову Магомеду Гусейновичу присвоено звание Героя Российской Федерации.

Награжден орденом Мужества, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I и II степени с мечами и медалью «За отвагу».

Продолжал службу в органах внутренних дел. В феврале 2008 года уволен на пенсию. С 24 июля 2009 года – секретарь Совета безопасности Республики Дагестан. 10 октября 2016 года назначен начальником управления Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Республике Дагестан.